Μονάδα Στρατηγικού Σχεδιασμού του Ιόνιου Πανεπιστημίου συγκροτήθηκε με απόφαση της Συγκλήτου του Ιδρύματος, σε εφαρμογή των διατάξεων του άρθρου 95 του ν. 4812/2021. Η Μονάδα Στρατηγικού Σχεδιασμού είναι αυτοτελής και ανεξάρτητη υπηρεσία, που υπάγεται απευθείας στον Πρύτανη και συνεργάζεται με το Συμβούλιο Διοίκησης, σε εφαρμογή των διατάξεων του ν.4957/2022. Το επίπεδο και η οργανωτική διάρθρωση της ΜΣΣ καθορίζονται στον Οργανισμό του Ιόνιου Πανεπιστημίου.
Αποστολή της Μονάδας Στρατηγικού Σχεδιασμού είναι η κατάρτιση του στρατηγικού σχεδίου του Ιόνιου Πανεπιστημίου και η σύνταξη σχεδίων συμφωνιών προγραμματικού σχεδιασμού του άρθρου 15 του ν. 4653/2020 (Α’ 12).